In jedem Level gilt es meißten einen Endgegner (Boss) zu besiegen. Bei Erfolg bekommt ihr einen HC (Hardcontainer), also ein zusätliches Herz auf eurem Livemeter. Außerdem ein Triforceteil.

Wir werden versuchen euch die Standardbosse hier mal aufzuführen. In ihrer Funktionalität sind sie von Quest zu Quest meißt identisch, jedoch können sie ein anderes Gesicht annehmen. Das hängt von der Kreativität des Questmasters ab.

Bezeichnung	Schwierigkeitsstufen	Seine Waffen	Meine Waffen	Besonderheiten
Aquamentus	1	Spuckt Feuerbälle	Schwert und Bomben (sehr wirksam). Um die Feuerbälle abzuwehren reich das Magic Shield.	Kann mehrmals auftauchen. Wird gerne als MiniBoss verwendet.
Darknut	1 - 3	Sehr schnell. Im Extremfall spuckt er tödliche Feuerbälle.	Schwert, Bomben und Hammer, spaltet sich in zwei blaue Knights	Mit dem Schwert ist der Darknut nur von der Seite oder von Hinten zu bezwingen. Der Hammer hilft auch von Vorne.
Digdogger	1	Setzt seine schnellen Kinder frei.	Okarina / Whistle. Für die Childs so ziemlich alle Waffen.	Die Kinder lassen sich mit dem Boomerang oder Hookshot stoppen.
Dodongo	1	Sehr stark gepanzert.	Auschließlich Bomben. Ihr müßt ihm zwei normale Bomben in sein Maul stopfen.	Sehr wirksam sind hier Superbomben, eine reicht aus und die bekommt ihr auch wieder, wenn er verreckt ist.
Ganondorf	?	Größtenteils unsichtbar. Spuckt Feuerbälle.	Schwert und Silver- Goldarrow.	Bewegen und das Schwert benutzen, wenn er sichtbar wird mit dem Pfeil treffen.
Gleeok	viele	Spuckt Feuerbälle.	Schwert und Hammer.	Der Gleok ist am variabelsten unter den Endgegnern. Seht zu, dass ihr euch horizontal unter seinen Köpfen bewegt und weicht den Feuerbällen aus.
Gohma	1-3	Sehr stark gepanzert. Spuckt Feuerbälle.	Pfeil und Bogen. Nur verwundbar mit geöffnetem Auge.	Je nach Schwierigkeitsgrad ist hier euer Equiptment gefragt. Für die Blaue Ghoma reicht meißt der normale Bogen und der normale Pfeil. Für die rote Ghoma braucht ihr meißtens den LongBow und den Silverarrow. Kann natürlich abweichen - ausprobieren. gegen die Feuerbälle hilft nichts(ggf. bessere Rüstung).
Manhandla	1 - 3	Spuckt Feuerbälle. Frist dich(hohe Schädigung). Sehr schnell.	Schwert und Bomben.	Manhandla kann bis zu 16 Köpfen haben, Bomben sind sehr effektiv.
Patra	1 - 3	Spuckt Feuerbälle. Wird geschützt durch ihre Kinder.	Beste Waffe ist das Schwert.	Patra kann bis zu zwei schützende Kinderringe haben, die sich kreis- oder elypsenförmig verändern.